负责组织开展全区渔业发展战略和政策研究；拟订全区渔业发展中长期发展规划、年度计划和政策措施并组织实施。指导全区渔业产业结构与布局调整；保护和合理开发利用渔业资源，监督管理渔业捕捞生产相关工作；指导水产健康养殖、水生生物资源养护；负责渔业苗种的监督管理工作，负责水产种质资源管理。指导渔业水域保护与管理。拟订渔业产业化和渔民专业合作组织发展的政策措施。组织开展水生动植物防疫和病害防控工作。负责渔业经济统计、核算工作；负责渔业科技工作，指导渔业技术标准和规范工作；组织、指导系统内的培训工作；组织、指导渔业技术推广体系改革与建设工作；负责全区远洋渔业开发与管理工作，承担远洋渔业项目管理工作，指导远洋渔业基地建设；监督执行有关国际海洋与渔业公约、条约、协定，监督管理远洋渔业，协调处理涉外渔船综合管控和相关涉外渔事纠纷处理工作。

承担职责范围内食用水产品质量安全监督管理有关工作，指导全区水产品质量安全监管体系、检验检测体系和信用体系建设。开展水产品质量安全监测、追溯、风险评估等工作，发布有关水产品质量安全状况信息。参与拟订并组织实施水产品质量标准和技术规范。承担符合安全标准的水产品认证和监督管理有关工作。负责水产养殖中兽药、饲料和饲料添加剂等投入品使用的监督管理。负责无公害水产品管理的有关工作。承担水产品质量安全突发事件应急处置相关工作。承担渔业品牌建设有关工作，配合相关部门加强水产品市场建设和发展水产品电子商务。组织开展渔业节能减排工作。