组织实施全区水生态环境的政策、规划、制度等；负责地表水生态环境监督管理工作；拟订水功能区划；开展水生态环境承载力评估；划定城镇及以上饮用水水源保护区工作；调整城镇及以上饮用水水源保护区工作；监督管理入河排污口设置；拟订重点流域污染防治规划计划；监督实施重点流域污染防治规划计划；配合跨界河流断面水质考核；污水处理回用中的水污染防治监督管理（职责边界事项）；负责水资源保护与水污染防治监督管理相关工作。

负责海洋生态环境监管工作，拟订和组织实施相关政策、规划和区划；负责海洋生态环境调查评价；组织开展海洋生态保护与修复监管工作，监督协调重点海域综合治理工作；负责湾长制相关工作；监督陆源污染物排海，监督指导入海排污口设置；按规定承担海洋倾倒区管理相关工作；负责海洋生态环境保护执法工作协调；负责监督指导重点渔业养殖企业污染防治。

负责生态环境安全应急日常管理工作，组织实施相关政策、 规划、制度；组织编制、修订生态环境应急预案，做好应急预案备案工作；负责生态环境应急信息通报，组织开展应急预警、应急演练工作；组织协调环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导、协调突发生态环境事件的应急工作。